[PeaceCoder]

так есть просто две БД или рассматривается вариант перехода с одной БД на другую?

то что я описал две. а вообще уже реализовываю кросс-бд запросы. независимо от синтаксиса можно будет делать запросы разных модулей
Пример: есть модуль пользователей с таблицей users, групп с таблицей groups и форум с таблицами topics, forums

Можно будет делать такой запрос

$db->q("SELECT T.*,G.Color,U.Nick
  FROM M_FORUM.topics AS T, M_GROUPS.groups AS G, M_USERS.users AS U 
  WHERE G.UserID=U.id AND T.UserID=U.id");

где M_FORUM, M_GROUPS и M_USERS - названия модулей.
Такой запрос будет действовать не зависимо от того какие базы юзают каждый из модулей и на каком они синтаксисе. При этом об префиксах можно будет вообще забыть. Они будут генерится автоматом =)