[Shitbox2]

Никуда не пропадают, это я неправильную реализацию написал. Если делать так, то всё работает:

function logClass(target: any) {

  // сохраняем ссылку на исходный конструктор
  var original = target;

  // вспомогательная функция для генерации экземпляров класса
  function construct(constructor, args) {
    var c : any = function () {
      return constructor.apply(this, args);
    }
    c.prototype = constructor.prototype;
    return new c();
  }

  // новое поведение конструктора
  var f : any = function (...args) {
    console.log("New: " + original.name); 
    return construct(original, args);
  }

  // копируем прототип, чтобы работал оператор instanceof
  f.prototype = original.prototype;

  // возвращаем новый конструктор (он переопределит исходный)
  return f;
}