Ну document.write открывает поток и браузер ждет, может еще что-то надо дописать, иначе, если бы он (write) каждый раз после себя закрывал поток, каждый вызов document.write перезаписывал бы весь документ, а так мы увидим "12" в обоих случаях:
var win = window.open();
win.document.open();
win.document.write("1");
win.document.write("2");
win.document.close();
var win = window.open();
win.document.write("1");
win.document.write("2");
но обрати внимание, что во втором примере браузер так и ждет окончания загрузки документа (тестил в Firefox 3.6, IE8).
--------
в Chrome 2-й пример почему-то не работает вообще, в Opera 10.50 индикатор загрузки не отображается.