[рони]

fenix_63,
код надо запускать когда все блоки загрузились
попробуйте так

$(window).on("load", function() {
    $(".bxslider").each(function(indx, element) {
                    var slider = $(element).bxSlider({
                        pagerCustom: "#bx-pager"
                    });
                    $(".trigger").eq(indx).fancybox({
                        onComplete: function(a) {
                            slider.reloadSlider()
                        }
                    })
                });
})

не поможет тогда так

window.setTimeout(function() {
    $(".bxslider").each(function(indx, element) {
                    var slider = $(element).bxSlider({
                        pagerCustom: "#bx-pager"
                    });
                    $(".trigger").eq(indx).fancybox({
                        onComplete: function(a) {
                            slider.reloadSlider()
                        }
                    })
                });
}, 3000)