[destus]

CrazyBite,
Первое, что можно сделать, это вызывать твой фильтр не из HTML шаблона, а импортировать в компонент, создать инстанс этого фильтра и вручную вызывать transform. Ну то есть что-то типа

usertable.component.ts

import {PipieUsertableComponent} from 'pipe-usertable.component.ts'
export class UsertableComponent implements OnInit, OnChanges {
    ...
    filteredUsers: User[];
    ...
}
ngOnChanges() {
  this.filteredUsers = new PipieUsertableComponent().transform(this.users, /* другие параметры */);
}
check() {
    this.filteredUsers.forEach( user => user.checked = true);
}

и в шаблоне

<tr *ngFor="let user of filteredUsers; let num = index;">