Jack,
<textarea id="k" name="" rows="12" > // комментарий
// ещё какая то инаформация
// и т.д.
ComandLine 12 99 66 abc;
// комментарий
ComandLine 12 99 66 abc;
// комментарий
ComandLine 12 99 66 abc;
// комментарий
ComandLine 12 99 66 abc;
</textarea>
<script>
var line = "45346", reg = /^[^\/]*?$/gm;
k.value = k.value.match(reg).join("\n")||k.value
</script>