[Rasy]

Хм, а как в этих случаях правильно передать значение value в функцию?
у меня возвращается событие, можно конечно из него вытащить, но будет ли это верно?

Да, объект события подходит для манипуляций.

Plugin.prototype = {
  click : function(e){
    e.target.value = this.options.color;
  }
};

Блин, что-то не пойму, как из инит например вызвать другую функцию конструктора , какой синтаксис в плагине?

Просто обратиться к методу объекта

Plugin.prototype = {
    init: function (e) {
      $(this.element).click($.proxy(this.click, this));
      this.log('test');
    },
    click : function(e){
      e.target.value = this.options.color;
    },
    log: function(msg) {
      console.log(msg);
    }
};