[j0hnik]

$(document).ready(function() {
	$('.menu-call').click(function(event) {
		$('.menu').addClass('open-menu').removeClass('close-menu').css('visibility', 'visible');
		$('.modal-wrapper, .close-layer').css('visibility', 'visible');
		$('.modal-wrapper').css('opacity', '1').css('transition', '.5s ease-in-out');
	});
	$('.modal-wrapper, .close-layer').click(function (e){ // событие клика по веб-документу
		var div = $(".menu"); // тут указываем ID элемента
		if (!div.is(e.target) // если клик был не по нашему блоку
		    && div.has(e.target).length === 0) {
			div.addClass('close-menu');
			$(".modal-wrapper, .close-layer").css('visibility', 'hidden');
			$('.modal-wrapper').css('opacity', '0');
		}
	});
});

протестируйте

добавил .removeClass('close-menu') в 3 строку