[laimas]

Есть дизайн. В дизайне предусмотрен определенный функционал.

А какое отношение к дизайну имеет именование полей формы?
У вас список файлов и для них вам так нужна строгая последовательность от 1 до N?

Какая разница как они будут загружены в последовательности если это всего лишь список документов. А значит ваша нумерация всего лишь усложнение кода на клиенте и на сервере, более она ничего не дает.

Список, это name="file[]", и на клиенте не требуется счетчика, а просто клонирование элемента, с очисткой его значения. И север получить под ключом file массив файлов.

А пользователю же в случае одной кнопки удаления, удаляющей последнее, выбранный ошибочно файл, который он заметит только после последующего выбора, удалить не получится. Это по вашему удобно? Собственно дизайн не есть Закон, с адекватным заказчиком можно всегда договориться если он понимает, что заложенное страдает неудобством.