Селектор a[href="ссылка"] в сафари работает с багами. Поэтому, советую лучше пробежаться по нодам:
$(function(){
    $('.nav-menu li a').each(function() {
        var location = window.location.href;
        var link = this.getAttribute('href'); 
        if(link.indexOf(location) === 0) {
            $(this).addClass('active');
        }
    });
});