Да в любую - в ту, в которую вы потом зайдёте и напишете магическую команду
nodejs file.js
Заранее скажу, что копирование папки node_modules займёт больше времени, чем создание и установка зависимостей методом npm install.
Но если время не важно, то можете и её просто скопировать.