[ksa]

как возвратить масив из функции

Возвращать-то ты возвращаешь... Но только не присваиваешь ничему.
Как вариант

function inputarray(Len){
	var arr=[];
	for(var i=0;i<Len;i++) {
		arr[i]=prompt('a['+(i+1)+']=','');
	}
	return arr;
}
var length=prompt('Input length:','');
var array=inputarray(length);
for(var i=0;i<length;i++) {
	alert(array[i]);
}