ksa,
это же сервер и он прекрасно справится, в отличии от JS в этом плане у него куда большие возможности. ) Просто в данном случае граница слова совсем не требуется.
$str = 'http://site.ru, http://site.com, https://site.info sgdf';
echo preg_replace('~(https?://)([^\s,]+)~', '<a href="$1$2">$2</a>', $str);