[Dilettante_Pro]

А в цикле работает вариант с prop вместо attr

<fieldset data-role="controlgroup" id="timer_t_ur">
				<legend>Интервалы работы долива по таймеру</legend>
				<div data-role="fieldcontain">
					<label for="s_16463">(16463) Активация:</label>
					<input type="checkbox" name="s_16463" onclick="writeCheckbox(this);" id="s_16463">
				</div>
			</fieldset>
<script src='https://code.jquery.com/jquery-latest.js'></script>
<script>
var checkboxRegisters = {c16463: false};
var loop = setTimeout (function tick() {
   checkboxRegisters['c16463'] = !checkboxRegisters['c16463'];
   $("#s_16463").prop("checked", checkboxRegisters['c16463']);
    loop = setTimeout(tick, 2000);
}, 2000);
</script>