[destus]

Object.assign( {}, store, store.header.nav[i].active= active )

третий аргумент это вообще что?))

Не тестировал, но смысл думаю ясен

const s_header= Redux.createStore(	(store= d_header, action) =>{
    var newStore;
	switch( action.type ) {
		case ('NAV_ACTIVE_ITEM'): {
			const newNav = store.header.nav.map(item => {
				return Object.assign({}, item, {active: item.id === action.id ? 'active': ''})
			}
			newStore = Object.assign({}, store, {header: {nav: newNav}})
		}
	}
	return newStore;
});