Возможно, проблема в том, что ul с классом menu не один?
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<meta charset="utf-8">
<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.12.4/jquery.min.js"></script>
<script>
( function($) {
$(document).ready(function(){
$(function (){
var act = $('li.level1.open');
act.prependTo(act.parent());
});
});
} ) ( jQuery );
</script>
</head>
<body>
<ul class="menu">
<li>Item 00</li>
<li >Item 01</li>
<li>Item 02</li>
</ul>
<ul class="menu">
<li>Item 0</li>
<li class='level1 open'>Item 1</li>
<li>Item 2</li>
</ul>
</body>
</html>