тогда перенесите прокрутку в этот result, синтаксис не знаю
$js .= "last_message_id = $last_message_id;"; // запишем номер последнего полученного сообщения, что бы в следующий раз начать загрузку с этого сообщения
сюда $(".chat").scrollTop($(".chat").get(0).scrollHeigh t);//
// отправляем полученный код пользователю, где он будет выполнен