ПХП работает на сервере, ява - локально на тачке, открывшей страницу. Т.е. таким образом ява не может получить доступ к файлу, находящемуся на сервере.

На сколько понял вопрос: необходимо постоянно менять меню, которое крепится к куче страничек. Ну так что бы не изобретать велосипед не проще ли вынести тот же хтмл или ява код меню в отдельный файл, который линковать на тех страницах, где нужно меню и так же в случае необходимости можно будет подредактировать только файл с меню. Те же яйца - вид сбоку.