[Nexus]

Я так понимаю дело в том что цикл проходит быстрее чем выполняется $.get?

Верно.
Можно так попробовать:

for (i = 1; i <= 5; i = i + 2) {
    //Тут выводит 1 3 5
    alert(i);
	
	(function(i){
		$.get('modules/handler/update.php',
			//тут правильно передает 1 3 5
			{
				i: i
			},
			function(data) {
				//тут выводит сразу 7 7 7 и неправильно передает id дива
				alert(i);
				$('#setka_' + i).html(data);
			}
		);
	})(i)
}