BenAffee,
Что за странный объект передается в конструктор MySQLStore? Список опций ограничен
этим, и ничем больше. А эти опции
key: 'session_cookie_name',
secret: 'session_cookie_secret',
store: sessionStore,
resave: false,
saveUninitialized: false
должны передаваться в конструктор session. А вообще
вот рабочий пример.