Не найдя решение пошел другим путем.
Избавился от записи логов через:
var output = Fs.createWriteStream('/path_logs/output.log', {'flags':'a'} );
var error = Fs.createWriteStream('/path_logs/error.log', {'flags':'a'} );
logger = new Console( output, error );
Программу запускаю с указанием вывода логов:
pm2 start app.js -e err.log -o out.log # Start and specify error and out log
Для logrotate настроено расписание включающее команду
pm2 reloadLogs