Можно использовать флаг для запоминания.
var score = 0;
alert("Игра: отгадай загадку.");
function zagadka(text, rightAnswers) {
var userAnswer = prompt(text);
userAnswer = userAnswer.toLowerCase();
var flag = '';
for(var i = 0; i < rightAnswers.length; i++) {
if(rightAnswers[i] == userAnswer) {
flag = true;
}
}
if(flag == true){
alert("Вы угадали!");
}else{
alert("Вы не угадали. Увы");
score++;
}
}
zagadka("Зимой и летом одним цветом.", ["ёлка", "елка"]);