[shoopik]

var data,//Текущие данные
	new_data,//Новые данные
	indexed_data={};//id=>item
	
new_data.forEach(function(item){
	indexed_data[item.id]=item;
});
data.map(function(item){
	var new_item=indexed_data[item.id]||item;
	
	['latitude','longitude'].forEach(function(key){
		if(item[key]!=new_item[key])
			item[key]=new_item[key];
	});
	
	return item;
});

спасибо, попробую. вопрос как удалить тех, кого нету)