В firefox проблемы нет. Closed: Worksforme.
Пишите письма в багтреккер хрома.)
Вообще причина, очевидно, в том, что вызов alert почему-то не считается хромом достаточной причиной для перерисовки. В обычном случае действительно не имеет смыла перерисовывать страницу после каждого шага цикла, т.к. цикл неделимая операция, но по логике вещей alert или какой-нить yield должен таки тригерить это действие.
Принудительный requestAnimationFrame, конечно порешает проблему, но, имхо, данная ситуация если не баг то хреновый код. (Полагаю причина в принципиальном презрении к самому alert
)