[Aetae]

Колбэки работают примерно так:

function isRegistered(id, success, error){
    var sel_query = con.query('SELECT * FROM `users` WHERE `userid`= ?', id, function GET(error, results, fields) {
        if(error) return error(error, id);
        if(!results.length) return error(0, id);
        return success(results.length, id);
    })
}

function coninueIfRegistered(count, id){
  //дальнейший код если зарегестрирован
}

function coninueIfNotRegistered(reason, id){
  //дальнейший код если не зарегестрирован
}


isRegistered(id, coninueIfRegistered, coninueIfNotRegistered);

Можно пошаманить с промисами и async await, но пока с этим не разберётесь - лучше не надо.