[Pavel M.]

может проще объект Date использовать, пусть сам считает?

<div id="time">
    Таймер: <span id="day">0</span> : <span id='hour'>0</span> : <span id="min">0</span> : <span id="sec">0</span>
</div>
  
<script>
    var d = new Date(2018, 0, 3, 23, 59, 5),
      htmlTime = [document.getElementById('sec'), document.getElementById('min'), document.getElementById('hour'), document.getElementById('day')];

    function time(){
       htmlTime[3].innerHTML = d.getDate();
       htmlTime[2].innerHTML = d.getHours();
       htmlTime[1].innerHTML = d.getMinutes();
       htmlTime[0].innerHTML = d.getSeconds();
       d = new Date(d - 1000); // вычитаем 1000 милисекунд
    }

    time();
    setInterval(time, 1000);
</script>