[ksa]

Предложу такой вариант...

var str="AAAADEEESSQQQQQQ";
alert(arh(str));
function arh(Str){
	var cnt=0;
	var old=Str.slice(0,1);
	var arh=old;
	for (var i=1; i<Str.length; i++){
		var val=Str.slice(i,i+1);
		if (val==old) {
			++cnt;
		} else {
			arh=arh+((cnt==0)? '': ++cnt)+val;
			old=val;
			cnt=0;
		};
	};
	if (cnt>0) {
		arh=arh+(++cnt);
	};
	return arh;
};