Закодируйте массив в json, json вставьте в переменную в JS.
Раскодируйте JSON на клиенте с помощью js, далее в цикле определяйте координаты адреса с помощью геокодера.
В callback'е геокодера добавляйте на карту маркер.
<script type="text/javascript">
var markerAddresses='<?php echo json_encode($addresses);?>';
try{
markerAddresses=JSON.parse(markerAddresses);
}catch(e){
alert('Что-то пошло не так');
markerAddresses=[];
}
markerAddresses.forEach(function(address){
//Тут используете геокодер и добавляете маркер
});
</script>