[zhenia3003]

Спасибо за ответы, навели на мысль про один массив, удаляю через splice

var cookie = $.cookie('good');
	if(cookie != null){
		var book = JSON.parse(cookie);
	}else{
		var book = [];
	}
	if(book.indexOf(id) != '-1'){
		book.splice(book.indexOf(id), 1);
	}else{
		book.push(id);
	}
	fav = JSON.stringify(book);
	alert(fav);
	$.cookie('good', fav, { path: '/', expires: 1 });