После того как вы нашли совпадение, нужно останавливать цикл.
Вы можете отказаться от перебора массива и воспользоваться методом "indexOf":
document.getElementById('enter').onclick=function(){
document.getElementById('out').innerHTMl=
['один', 'два', 'три', 'четыре', 'пять'].indexOf(
document.getElementById('input').value.toLowerCase()
)>-1;
};
https://developer.mozilla.org/ru/doc.../Array/indexOf