NastyaNewer,
мало что понимаю, из того что вы пишите, может вам css будет достаточно.
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
</head>
<body>
<div id="box"></div>
<style type="text/css">
#box{
border: 1px dashed Gray; padding: 5px; height: 100px; width: 100px;
background-color: #0000CD;
opacity: 1;
transition: 1s 1s;
}
#box.hide {
opacity: 0
}
</style>
<script>
window.setTimeout(function() {
box.classList.add("hide")
});
</script>
</body>
</html>