Вообще-то у вас и получился двумерный массив такого вида
var data = [["0", "column1", "column2", "column3", "column4", "column5"],
["row1", "1", "2", "3", "4", "5"],
["row2", "6", "7", "8", "9", "10"],
["row3", "11", "12", "13", "14", "15"],
["row4", "16", "17", "18", "19", "20"],
["row5", "21", "22", "23", "24", "25"]];
alert(data[5][0] + " " + data[0][5] + " " + data[5][5]);