[Javany11]

А в чем собственно может быть каша?

Например если пьяный пользователь введет 12мм2и14..2.2., и Вы это в массиве получите, Вы это сможете дальше обработать своим скриптом? Думаю без проверки нет. Как минимум нужно сказать пользователю о том что ввод некорректный.

while(true){var UserDigit = prompt("Введите несколько числовых значений, разделенных запятыми:", "2,2,5,5,3,7")

	var arr = UserDigit.split(",")
	var arr2 = arr.includes("") 
	var test = arr.join('')
	if (isNaN(test)||!isNaN(arr[i])||arr2!=false){alert('Некорректный ввод...','')}
		else if(!isNaN(test)){break}	
}

Не буду утверждать что это хорошая проверка, но она работает. Отбрасывает буквы и пробелы между запятыми, что позволяет не создавать пустой массив.