[Rise]

несколько слоев canvas

Обычно один слой.

ведь можно собрать карту и просто сгенерировав элемент

Например из div можно тоже собрать карту.

у svg больше возможностей обработки событий, интерактивность

У обычных элементов не меньше, а canvas при желании можно сделать интерактивным.

отрисовка в canvas или сборка большой SVG из маленьких?

Вообще помимо SVG и Canvas есть еще CSS. Используйте что вам больше нравится, будет тормозить перепишите в Canvas)