[j0hnik]

function come(elem) {
  var docViewTop = $(window).scrollTop(),
    docViewBottom = docViewTop + $(window).height(),
    elemTop = $(elem).offset().top,
    elemBottom = elemTop + $(elem).height();

  return ((elemBottom <= docViewBottom) && (elemTop >= docViewTop));
}

onscroll = function(){
if (come("#el")) //запускаем первый;
if (come("#el")) //запускаем второй;
//....
};

если не хотите чтобы запуск повторно срабатывал нужен флаг.

или попробуйте почитать документацию к плагину, мб там много чего полезного