Win7 x64, Google v66.0.3359.139
По-моему ошибок нет, все работает, как часы.
Добавьте этот скрипт на страницу и сравните координаты мыши и координаты события:
document.body.addEventListener('mousemove',function(e){
document.querySelector('#focus-input').value=e.clientX+':'+e.clientY;
var list=[].slice.call(document.querySelectorAll('#log-container div'));
list.pop();list.pop();
list.forEach(node=>node.parentNode.removeChild(node));
});
У вас в лог записываются разные координаты, потому что вы не останавливаете свою мышь сразу после срабатывания события mouseover.