[Aetae]

Обзервер для таких задач слишком тяжеловесен. Хватит простой проверки по таймауту:

(function repeat(){
    var element = document.getElementById('id');
    if(!element) return setTimeout(repeat, 100);

    // основной код / вызов основной функции

}());

В целом, конечно, рони прав, по хорошему надо изменять(подменять) именно саму функцию вызова того окна. Но для юзерскрипта можно не заморачиваться.