[Aetae]

Лучшая зашита - ненужность.)
Напиши скрипт так, что удобно им пользоваться было только тому человеку в конкретном специфическом случае без малейшей универсальности. Так, чтоб переделать под себя было сложней, чем написать с нуля. Это единственный рабочий вариант.)

Есть ещё обфускация, но толку от неё на самом деле не много, при наличии необходимости.

Скрипты с серьёзных сайтов не "воруют" просто потому что они все очень сложно переплетены и завязаны на конкретные сервисы и между собой. Проще писать своё чем разбираться со всем этим. А если скрипт настолько простенький то его легко можно "украсть", то и написать его просто.