[Nexus]

Я бы еще и избавился по возможности от написания кода в блоке if, это, по-моему, улучшает его чтение.

var $messageComments = $('.vbMessageChildren');
$messageComments.each(function(index, element) {
    var $messageComment = $(element);
    var $comments = $messageComment.children('.vbMessage');
    if ($comments.length <= 3)
        return;


    $comments.each(function(index, element) {
        var $comment = $(element);
        $comment.attr('id', index);
        if (index > 2)
            $comment.hide();
    });
    var step = Math.ceil($comments.length / 3);
    var html = '<img class="prew" src="путь к файлу"><ul class="paginator">';
    for (var id = 1; id <= step; id++)
        html += '<li id="' + id + '">' + id + '</li>';

    html += '</ul><img class="next" src="путь к файлу">';
    $messageComment.append(html);
});

PS. у Rise в строке 11 используется переменная $comment, вероятно опечатка и должно быть $comments. +не понял, почему значение переменной step не было округлено до большего.