[stweet]

1. Раскуриваем анонимность в JS
2. Вновь импортированный модуль это вновь выделенная память и с предыдущим импортом общего ни чего не имеет.

// Старт программы

let model = [] // your import array(yes, in begin programm)
// let sceneElems = require('../renderProcess/editorJS/sceneElems').sceneElems;

app.on( 'ready', function(){
    // код создание окна и другие действия не относящиеся к подключению файла...
    
    // use array

	setTimeout(function () {

        // array operations
        model.push('arguments')


	    console.log(model);
	}, 3000);
});

Так же хотелось бы посмотреть файл в котором экспортируется массив.