По-моему все работает, как вы и хотели.
var str='<table class="41" align="center" padding="5px" width="50%" height="200px"><tbody><tr><td><span>Это удалить</span></td></tr></tbody></table>'
+'<table class="51" align="center" padding="5px" width="50%" height="200px"><tbody><tr><td><span>А это оставить</span></td></tr></tbody></table>';
var delstr = '<table class="41" align="center" padding="5px" width="50%" height="200px"><tbody><tr><td><span>Это удалить</span></td></tr></tbody></table>'
var result=str.replace(delstr, "");
alert(result);