s24344,
Дело тут не в object spread. Его тут вообще нет. Дело в том, что ваша конструкция переписывается в Array.from(this.el.querySelectorAll('[data-nav-ref="primary-link"]')), что в IE конечно же не поддерживается. Поэтому нужен babel-polyfill. Если не хочется его подключать, то можно переписать ваш код следующим образом
this.primaryLinks = Array.prototype.slice.call(this.el.querySelectorAll('[data-nav-ref="primary-link"]'));