Не знаю насколько корректно переопределять полностью прототип объекта, но я бы просто добавил в него свои методы, чтобы точно ничего нужного не затереть, т.е. так:
Object.prototype.someMethod=function(){};
Все DOM-узлы, которые нужны объекту для работы лучше принимать из вне (в параметрах конструктора либо через дополнительные методы-сеттеры).
Все текста из методов объекта также стоит выпилить, добавив в объект их методы-сеттеры.
Это все мое имхо.