На какие части? Это все один файл, а каждая его часть, это его логический блок. Вы же раздолбали код действительно на на две части между сервером и клиентом, считая при этом, что это куда понятнее.
Да и написано у вас ...
<?
$visit = $_COOKIE['visit'] ?: 0;
$banner = glob($dir)[$visit];
setcookie('visit', ++$visit, не слишком ли до ... ? ), '/');
//и прочий код который обязательно всегда будет
?>
<html>
<head>
<?=$var?> и прочий вывод определенных значений
</head>
<body>
как и в нужном месте где-то
<div class="banner">
<?
if($banner) include '$banner';
?></div>
</html>
Это логика одного файла, а по уму ее разделяют на код и представление (шаблонизаторы).