Вот так попробуйте:
var arr = ['35689', '58988', '72569', '465465', '111111', '398989', '545454'];
for (var i=0; i<arr.length; i++){
var one = arr[i].charAt(0);
if ((one != '3') && (one != '7')){
document.write(arr[i] + '<br>');
};
};
Думаю без метода .toString() можно обойтись.