[Artur_Hopf]

Вынес массив за пределы функции, вроде все работает, но это не хорошо

var inputdata = [];

getData (false); //допустим надо обнулить данные уже работающей функции


function getData (reload){
    $.getJSON( 'index', function(data) {
        createData(data, reload);
    })
}

function createData(data, reload){
     if(reload){   //если функция запущенна после загрузки страницы пушим данные
        for (i = 0; i < data.length; i++){
            var arr = [+data[i].time, +data[i].sum];
            inputdata.push(arr);
        }
     }else{  // если функция запущенна уже вручную стираем данные
        inputdata.length = 0;
     }
     createTrend();
}

function createTrend(){
      if (createTrend.id !== undefined ) {
        clearTimeout(getData.id);
      };

     //работаем с этими данными, добавление новых данных

      createTrend.id = setTimeout(function() {
        createTrend();
    }, 60000);
}