[SuperZen]

используй в createTrend setInterval вместо setTimeout
и тело ф-ции туда помести

и при вызове createTrend делай возврат setInterval
и при вызове createData обнуляй текущий интервал

схематично, как-то так

var inputdata = [];

    getData(false); //допустим надо обнулить данные уже работающей функции

    var currentInterval = null

    function getData(reload) {
      createData(data, reload);
    }

    function createData(data, reload) {
      clearInterval(currentInterval)
      currentInterval = createTrend();
    }

    function createTrend() {
      return setInterval(function () {
        //body function
      }, 60000);
    }