Раз есть страница администратора, тогда не понятно зачем вводить какие-то команды.
Банальный fileexplorer в браузере, ходи по папкам и выбирай файл, поправил файл, нажал кнопку перезапустить. Даже редактор кода можно вставить.
буквально 1 минута на поиск)
https://www.npmjs.com/package/node-file-manager
https://codemirror.net/
http://pm2.keymetrics.io/