[drakulawz]

может как-то без in написать циклы?

Пробовал, то же самое - ничего не меняется...

Так:

for (var i1 = 0; i1 < map.tiles.length; i1++) {
        for (var i2; i2 < map.tiles[1].length; i2++) {
            var tile = map.tiles[i1][i2];
            if (tile == 0) target.init(map.color);
            if (tile == 1) target.init(player.color);
        }
    };

Всё то же самое, если, допустим, ставлю в map просто "" будет выполнятся только второе условие.