[Aetae]

Проблема в том, что это твоё mywindow не открылось. А не открылось оно потому, что браузер не блокирует только те окна, что открываются сразу в ответ на действия пользователя.
У тебя же загрузка index.php занимает некоторое время, а потому создание нового окна блокируется как нежелательное.
Сначала открывай окно, а уж потом шли запросы и пиши в него.